La respuesta es...depende. Depende de lo que diga el manual. Muchas son compatibles, y en el manual aclaran esto, donde dicen que son backwards compatible con fuentes de alimentacion, fuentes de poder, o fuentes de energia de 20 pines, y proceden a mostrarte como conectar la fuente. Aqui les muestro una imagen de un manual con la especificacion:

En el caso que tu tarjeta madre no lo especifique, entonces no te recomiendo el uso de una fuente de 20 pines en una tarjeta madre cual tiene un conector de 24 pines.
Videos de referencia: http://www.youtube.com/watch?v=iL0Uziv0cGE