Una de las cosas extrañas es el de 6 pines rectangular. Este se lo usa normalmente para darle energia extra a las placas de video de mayor consumo. Esta es una imagen de una AMD Radeon 6850 donde se puede ver el conector. Y si queres, busca mas placas de video y los vas a seguir encontrando.

No se porque motivo esta incorporado en la placa madre pero es un modelo, como dije antes, diseñado por una empresa para sus propias computadoras.
P.D.: Quedó grande la imagen, pido disculapas.