No tengo mucha experiencia con LINUX amigo matias18.
Pero he hecho varias instalaciones de UBUNTU con la opciòn WUBI como tu.
Bueno, la carpeta de ubuntu se encuentra en la tercera particion del primer disco (sería en la que guardo datos)
Aquì lo que creo es que, si bien esta instalaciòn WUBI es como si instalaras un programa dentro de windows, es conveniente que lo hubieras hecho en una particiòn aparte dedicada sòlo a este sistema. Asì lo he hecho yo siempre.
Por otro lado, a ver algùn forero màs experto en LINUX nos aclara lo de reparar el sector de arranque WUBI. Pero creo que con el disco de instalaciòn se puede reparar, o con el programa GPARTED (??), y con algunos programas de recuperaciòn de sectores de arranque que hay en el HIRENS BOOT.
Pero siento no poder darte una soluciòn en concreto.
Esperemos pues, otra respuesta, alguna otra "pista"
Saludos.